Kommunen har igennem miljøgodkendelsen opstillet en række vilkår for forsvarlig drift for miljø og mennesker, som eks. emissionsgrænseværdier og krav til indretning. For at leve op til disse, har virksomheden opstillet egenkontrolsprogrammer og procedurer. Ved miljøtilsyn følger kommunen op på at kravene i miljøgodkendelsen og øvrige miljøforhold er som de skal være, både på tilsynstidspunktet men også i form af driftsjournaler. For visse anlæg, som eksempelvis fyringsanlæg, er der krav om præstationskontrol for at sikre, at driften er som forventet. En præstationskontrol kan både udføres efter et par måneder efter fuld driftstart og regelmæssigt, eksempelvis hvert 3. år.
Hvis emissionerne overskrider grænseværdierne, kræves der handling fra virksomhederne for at reducere dem. Hvis kommunen har konkret mistanke om fare for sundhed eller miljø, kan nye undersøgelser iværksættes.